面包、葡萄酒、奶酪、酸奶、酒、醋、大豆酱、酱油、泡菜……人类自古以来就利用乳酸发酵来制作各种食品。像这样利用乳糖和葡萄糖来增殖，在此过程中产生乳酸(乳酸发酵)的微生物被称作乳酸菌。乳酸菌大体分为“乳酸杆菌”、“乳酸球菌”和“双歧杆菌”3种类型，其中的双歧杆菌不仅可从乳糖和葡萄糖中产生乳酸，而且还可产生醋酸。

乳酸菌的种类

乳酸菌也有各自的特性

使用牛奶等动物性食物发酵以便制作酸奶和奶酪的菌种被称作“动物性乳酸菌”，而使用谷类和蔬菜等植物性食物发酵酿酒泡菜的的菌种被称作“植物性乳酸菌”。

用来制作酸奶的乳酸菌包括保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌以及以格鲁吉亚产的奶酪而闻名的乳酸乳球菌等。同类的瑞士乳杆菌是创造风味的重要菌种。

“植物性乳酸菌”的代表性菌种包括用于制作泡菜的短乳杆菌和植物乳杆菌等。

就益生菌的代表性菌种——双歧杆菌而言，短双歧杆菌和婴儿双歧杆菌主要是在婴儿肠道内(粪便中)发现的，而长双歧杆菌和青春双歧杆菌则是在成人肠道内发现的。

即使同属杆菌，养乐多代田菌和短乳杆菌具有不同的性质，即使同属养乐多代田菌，菌株不同性质也各异。具体说来，养乐多代田菌SBR1202菌株具有激活双歧杆菌的作用，但即使是相同的养乐多代田菌，有的菌株就对双歧杆菌没有影响。

以植物为例，这些差异表现在：番茄和辣椒不同，但同属茄科；即使同样是番茄，也有谷氨酸较多的和番茄红素较多的之分等。也就是说，可认为是乳酸菌的菌株具有各自不同特性的固有遗传资源。

肠道中存活着1亿多只菌

在细胞分裂形成内脏器官的过程中，肠道是最先形成的，并且是摄取维持生命所不可缺的营养成分的器官。它既是接纳外来物质的入口，同时也是体内废物的排出口。从口与肛门之间的连接管这个意义上说，肠道内部也可以说是“内部的外部”。肠道不断接触食物和细菌等外来异物，因此也是对异物的第一道防线。也就是说，肠道具有吸收营养成分、排除杂菌等作用。

我们的肠道内有大量的细菌在繁殖，就像丰富多彩的花圃(flora)一样，因此也称作肠内菌群。

一般来说，在婴儿时期，以双歧杆菌和乳酸菌为代表的益生菌占据主导地位，但益生菌会因年龄增长、压力、饮酒吸烟等因素而减少，而像产气荚膜杆菌那样对身体有害的有害菌则会增多。