花椰菜属于油菜科，与甘蓝同类，一般认为其祖先是自生在地中海沿岸的野生品种。该野生品种逐渐演化成不结球羽衣甘蓝、结球卷心菜、花蕾可供食用的花椰菜以及茎可供食用的球茎甘蓝等。

据说公元前2000年的古罗马人食用油菜科野生品种（Brassica cretica）的花蕾和嫩茎并将其称为Cyma，这或许就是花椰菜的起源。此外，花椰菜在意大利经过长期改良，这段历史也可通过其学名（Brassica oleracea var. italica）而略知一二。

现在，除了大家熟悉的绿色花椰菜外，在欧洲还可看到白色和紫色的花椰菜。

17世纪初传到欧洲各地，19世纪在北美被改良成近似现在的样子。明治维新后传到日本，不过当初人们更喜欢同期传来的菜花。于是，花椰菜便被冠以“芽菜花（芽特别发达的菜花）”的名称，给人以菜花的兄弟的感觉。